研究院拥有“计算神经科学与类脑智能”教育部重点实验室1个，同时在建包括认知神经科学中心、生物医学大数据中心、计算系统生物学中心、神经与智能工程中心、生物医学影像中心、类脑智能芯片系统中心、类脑智能转化与合作中心等研究中心。作为“张江复旦国际创新中心”的核心建设内容，在上海市全球科创中心重大战略和教育部双一流建设规划的支持下，研究院目前建有张江国际脑影像中心和张江国际脑库两个重大实验技术平台，致力于在中国上海建成世界最先进的影像研究平台和国际最大的全维度脑科学数据库平台，为集聚高水平人才、开展脑与类脑国际前沿研究提供支撑。