建院以来，研究院牵头纵向项目105项，其中国家级项目61项，省部级项目44项，作为课题负责人和主要骨干参与国家级重大重点项目共14项，纵向总经费约超10亿元；牵头横向项目47项，横向总经费超1亿元，组建产学研医协同攻关团队，提升重大成果的转化服务。
部分重大重点项目列表
| 序号 | 项目/课题名称 | 承担人 | 承担情况 | 起止时间 | 类别 |
1 |
脑与类脑智能基础转化应用研究 | 冯建峰 | 项目执行负责人 | 2018/07/01至2023/06/30 | 上海市市级重大专项 |
2 |
大脑计算同化平台与新一代类脑智能算法理论 | 李春贺 | 项目负责人 | 2020/06/01至2025/05/31 | 国家重点研发计划“变革性技术关键科学问题”重点专项 |
| 3 | 基于脑图谱的认知功能建模 | 张捷 | 课题负责人 | 2022/01/01至2026/12/31 | 科技创新2030-“脑科学与类脑研究”重大项目 |
| 4 | 决策空间：基于超高场磁共振研究认知地图在人类决策中的作用 | Deniz Vatansever | 项目负责人 | 2022至2026 | 科技创新2030-“脑科学与类脑研究”重大项目（青年项目） |
| 5 | 基于脑信息处理的深度神经网络和智能系统研究 | 冯建峰 | 项目负责人 | 2015/09/01 至2018/08/31 | 上海市科委基础研究重点项目 |
| 6 | 类脑非对称深度神经网络模型与应用 | 冯建峰 | 课题负责人 | 2016/12/01至2019/11/30 | 上海市科委基础研究重大项目 |
| 7 | 脑血管病智能辅助诊疗技术及决策平台建立及应用研究 | 冯建峰 | 课题负责人 | 2018/09/01至2021/12/31 | 国家重点研发计划 |
8 |
多模态脑语言、运动功能图谱构建及其在脑胶质瘤手术中的应用 | 冯建峰 | 项目负责人 | 2015/01/01 至2017/12/31 | 国家863计划 |
| 9 | 面向脑疾病的人体肠道微生物组学数据挖掘方法研究 | 赵兴明 | 项目负责人 | 2020/01/01至2024/12/31 | 国家自然科学基金委重点项目 |
| 10 | 几类精神疾病小样本、多尺度定量化建模和研究 | 冯建峰 | 项目负责人 | 2013/01/01至2016/12/31 | 国家自然科学基金委重大研究计划重点支持项目 |
| 11 | 精准医学多模态数据整合与挖掘的关键技术研究 | 赵兴明 | 课题负责人 | 2018/07/01至2020/12/31 | 国家重点研发计划 |
| 12 | 重大脑精神疾病的遗传影像学分析理论与计算方法 |
冯建峰 | 项目负责人 | 2017/01/01至2019/12/31 | 国家自然科学基金委重大研究计划集成项目 |
13 |
交互式自学习智能神经调控技术研究 | 王守岩 | 项目负责人 | 2017/09/01至2019/08/31 | 上海市科委基础研究重点项目 |
| 14 | 无创智能经皮颅－耳电刺激抗抑郁技术研发 | 王守岩 | 课题负责人 | 2018/12/31至2021/12/31 | 国家重点研发计划 |
| 15 | 共建“复旦-一汽人工智能联合实验室”的合作协议 | 冯建峰 | 项目负责人 | 2020/12/01至2023/12/01 | 合作企业：一汽（南京）科技开发有限公司 |
| 16 | 共建“复旦-科大智能智能机器人联合实验室”合作协议 | 冯建峰 | 项目负责人 | 2017/01/01至2020/01/01 | 合作企业：科大智能科技股份有限公司 |
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