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人员

  • 原致远（青年副研究员）
  • 研究方向：生物信息学、深度学习、单细胞与空间组学
  • 电子邮箱：zhiyuan@fudan.edu.cn
  • 个人网站：
  • 简要介绍：2022年6月于清华大学获博士学位，师从生物信息学专家Michael Q. Zhang教授。2022年9月加入复旦大学类脑智能科学与技术研究院，担任青年副研究员。从事BT+IT（生物技术与信息技术）交叉方向，特别是单细胞与空间组学相关计算方法学研究。成果以第一/通讯作者身份发表在Nature Methods（2021/2023/2024）、Nature Communications（2022/2024）、Nature Protocols（2024）、Cell Genomics（2024）、Genome Biology（2023）等期刊。部分成果被选为Nature Methods及Nature Communications亮点论文、Nature Methods头版新闻、Nature Methods研究简报、被Nature Biotechnology高亮推介、Nature Methods TOP 1%论文、ESI高被引论文等。入选周传奖、上海市青年科技英才扬帆计划、上海市晨光计划、上海青年35人引领计划提名奖（生物信息唯一入选者）、复旦大学卓学优秀人才等。第一作者身份获得中国生物信息学十大进展（2次）、世界人工智能大会青年优秀论文奖，主持国家基金委、上海市等科研项目，作为骨干参与国家重点研发计划、上海市重点专项等重大科研项目。担任The Innovation、Genomics Proteomics Bioinformatics、Journal of Genetics and Genomics、Advanced Biotechnology等期刊青年编委，长期担任Nature Biotechnology、Nature Methods、Nature Metabolism、Nature Machine Intelligence、Nature Communications、Cell Systems、Cell Reports、GB、NAR、BIB、GPB、JGG、CRM等数十家权威期刊审稿人。与国外（耶鲁、斯坦福、UTD等）、国内（清华、北大、中科院等）、产业学术机构（腾讯AI Lab等）有长期合作关系。咨询本科生科研项目、研究生请联系：zhiyuan@fudan.edu.cn。
  • 代表成果：

    [1] Z Yuan*, Q Zhou*, L Cai*, et al., Y Chen#, X Zhang# & MQ Zhang#.

    SEAM is a spatial single nuclear metabolomics method for dissecting tissue microenvironment.

    Nature Methods 18, 1223–1232 (2021).


    [2] Z Yuan*#, W Pan*, X Zhao, F Zhao, X Li, Y Zhao, MQ Zhang# & J Yao#.

    SODB facilitates comprehensive exploration of spatial omics data.

    Nature Methods 20, 387–399 (2023).


    [3] Z Yuan*#, F Zhao, S Lin, Y Zhao, J Yao, Y Cui, XY Zhang, Y Zhao#.

    Benchmarking spatial clustering methods with spatially resolved transcriptomics data.

    Nature Methods (2024).


    [4] Z Yuan*#, Y Li*, M Shi, F Yang, J Gao, J Yao# & MQ Zhang#.

    SOTIP is a versatile method for microenvironment modeling with spatial omics data.

    Nature Communications 13, 7330 (2022).


    [5] Z Yuan*#.

    MENDER: Fast and scalable tissue structure identification in Spatial Omics Data.

    Nature Communications 15, 207 (2024).


    [6] S Lin, F Zhao, Z Wu, J Yao, Y Zhao# & Z Yuan#.

    Streamlining spatial omics data analysis with Pysodb.

    Nature Protocols (2024).


    [7] S Lin, Y Cui, F Zhao, et al., BZ Qian, Y Zhao#, Z Yuan#.

    Complete spatially resolved gene expression is not necessary for identifying spatial domains.

    Cell Genomics (2024).


    [8] Z Yuan*# & J Yao#.

    Harnessing Computational Spatial Omics to Explore the Spatial Biology Intricacies.

    Seminars in Cancer Biology (2023).


    [9] T Guo*, Z Yuan*, Y Pan, J Wang, F Chen, MQ Zhang#, X Li#.

    SPIRAL: integrating and aligning spatially resolved transcriptomics data across different experiments, conditions, and technologies.

    Genome Biology 24, 241 (2023).


上海市杨浦区邯郸路220号复旦大学光华楼东主楼2314、2316室

  • 复旦大学类脑智能科学与技术研究院,复旦大学类脑研究院