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人员

  • 简要介绍：原致远，长聘副教授/研究员，博士生导师，上海市浦东医院双聘研究员，空间组学整合研究中心副主任。研究方向为基因组语言模型、AI虚拟细胞技术、生成式及可解释人工智能方法及在时空组学中的应用。本科毕业于武汉大学计算机学院，博士毕业于清华大学自动化系，之后加入复旦大学任独立PI。入选国家高层次人才特殊支持计划青年项目、周传纪念奖，上海市人才计划（青年东方英才、晨光学者、扬帆计划、明珠菁英人才、上海科技35U35）及复旦大学卓学人才计划。 学术成果以第一或通讯作者（含共同）发表在 Nature Methods（2021/2023/2024）、 Nature Machine Intelligence（2025）、 Nature Protocols（2024）、 Cell Genomics（2024）、Nature Communications（2022/2024/2025a/2025b）等期刊。部分成果被选为 Nat. Methods TOP 1% 热点论文、Nat. Methods/Nat. Commun./Cell Genom. 亮点论文。一作/通讯获中国生物信息学十大进展（2次）、世界人工智能大会青年优秀论文奖。主持国家自然科学基金面上、青年项目、上海市计算生物学重点专项、曹娥江基础创新培育项目；连续3年主持腾讯AI Lab/CCF犀牛鸟专项研究基金（2023/2024/2025），并获得年度“优秀奖”；骨干参与国家重点研发计划、上海市重点专项等重大科研任务。 担任腾飞书院及大数据学院本科生班导师。指导本科生一作发表于Nature Machine Intelligence；指导本科生获得“莙政”科研项目立项并优秀结题，其获复旦大学“莙政学者”奖励；指导研究生一作发表于Nature Methods、Nature Protocols、Cell Genomics、Nature Communications等期刊。担任 Genom. Proteom. Bioinf.（GPB）、J. Genet. Genom.（JGG）青年编委。担任方法学（Nat. Methods/Nat. Biotechnol./Nat. Mach. Intell./Nat. Comput. Sci.），生物学（Nat. Metab., Nat. Struct. Mol. Biol., Cell Genom., Cell Syst.）及综合性（Nat. Commun., Science Advances, Natl Sci Rev, Cell Rep.）等30余种权威期刊审稿人。中国自动化学会智能健康与生物信息专委会委员、中国计算机学会生物信息专委会委员、中国生物信息学会(筹)生物信息学算法研究专委会委员、上海市生物信息学会委员。
  • 代表成果：

    [1]Y Cui*, Z Yuan#.

    Prioritizing perturbation-responsive gene patterns using interpretable deep learning.

    Nature communications 16 (1), 6095 (2025).

    [2] S Lin, Y Cui, F Zhao, et al., BZ Qian, Y Zhao#, Z Yuan#.

    Complete spatially resolved gene expression is not necessary for identifying spatial domains.

    Cell Genomics (2024).

    [3] S Lin, F Zhao, Z Wu, J Yao, Y Zhao# & Z Yuan#.

    Streamlining spatial omics data analysis with Pysodb.

    Nature Protocols (2024).

    [4] Z Yuan*#.

    MENDER: Fast and scalable tissue structure identification in Spatial Omics Data.

    Nature Communications 15, 207 (2024).

    [5] Z Yuan*#, F Zhao, S Lin, Y Zhao, J Yao, Y Cui, XY Zhang, Y Zhao#.

    Benchmarking spatial clustering methods with spatially resolved transcriptomics data.

    Nature Methods (2024).

    [6] T Guo*, Z Yuan*, Y Pan, J Wang, F Chen, MQ Zhang#, X Li#.

    SPIRAL: integrating and aligning spatially resolved transcriptomics data across different experiments, conditions, and technologies.

    Genome Biology 24, 241 (2023).

    [7] Z Yuan*# & J Yao#.

    Harnessing Computational Spatial Omics to Explore the Spatial Biology Intricacies.

    Seminars in Cancer Biology (2023).

    [8] Z Yuan*#, W Pan*, X Zhao, F Zhao, X Li, Y Zhao, MQ Zhang# & J Yao#.

    SODB facilitates comprehensive exploration of spatial omics data.

    Nature Methods 20, 387–399 (2023).

    [9] Z Yuan*#, Y Li*, M Shi, F Yang, J Gao, J Yao# & MQ Zhang#.

    SOTIP is a versatile method for microenvironment modeling with spatial omics data.

    Nature Communications 13, 7330 (2022).

    [10] Z Yuan*, Q Zhou*, L Cai*, et al., Y Chen#, X Zhang# & MQ Zhang#.

    SEAM is a spatial single nuclear metabolomics method for dissecting tissue microenvironment.

    Nature Methods 18, 1223–1232 (2021).



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  • 复旦大学类脑智能科学与技术研究院,复旦大学类脑研究院